La Secretaría de la OMC, que tiene sus oficinas en Ginebra, cuenta con una plantilla de 640 funcionarios incluidos en el presupuesto ordinario, y está encabezada por el Director General Pascal Lamy. Dado que son los Miembros de la OMC los que adoptan las decisiones, la Secretaría no tiene facultades decisorias. Sus principales cometidos son ofrecer apoyo técnico y profesional a los distintos consejos y comités, prestar asistencia técnica a los países en desarrollo, vigilar y analizar la evolución del comercio mundial, facilitar información al público y a los medios de comunicación y organizar las conferencias ministeriales. Además, la Secretaría presta algunas formas de asistencia jurídica en los procedimientos de solución de diferencias y asesora a los gobiernos que desean adherirse a la OMC